Tak jako u mnoha jiných onemocnění je i u průjmu nutné jeho příčiny rozdělit na akutní a chronické. U akutní formy je příčinou jeho vzniku povětšinou infekční choroba, jenž propuká velice náhle a trvá maximálně několik dnů. Přesáhne-li období rozmezí hranici čtyř týdnů, již mluvíme o chronickém průjmu, u něhož by se rozhodně nemělo otálet s návštěvou lékaře. Průjem je totiž častým příznakem celé řady onemocnění.
Přibližně třetinu akutních průjmu mají na svědomí virové infekce. K jejich propuknutí povětšinou dochází u více jedinců najednou, přičemž mnohem náchylnější jsou děti a starší lidé. K nejrozšířenějším původcům se řadí rotaviry, adenovirus, astroviry a coronaviry. Infekčním původcem mohou být i bakterie, s nimiž se v letních měsících nejčastěji setkáváme s Camplylobacter jejuni a salmonelou. Paraziti bývají méně častým původcem, který se šíří zejména kontaminovanou vodou. Oproti virové a bakteriální příčině u něj bývá zřetelně delší doba trvání, jenž může dosáhnout až k hranici chronického průjmu, tedy čtyř týdnů. Další skupinu tvoří neinfekční příčiny, mezi něž se řadí úzkost, vedlejší účinky léků, požití většího množství osmotických potravin a tekutin. Zvláštní skupinu tvoří tzv. cestovatelský průjem, u nějž sehrává roli kombinace více faktorů. Se změnou prostředí souvisí nejen stres, ale také jiná skladba stravy vyvolávající změnu ve střevní mikroflóře a hlavně vyšší riziko infekce.
U chronického průjmu je již vhodné navštívit lékaře, který na základě anamnézy určí přesnou příčinu potíží. Na vině může být dlouhodobý zánět vyvolaný parazity, ale i celá řada nemocí. Nejčastěji se setkáváme se syndromem dráždivého trakčníku. Ten se projevuje poruchou vyprazdňování, a to jak průjmem, tak i zácpou. Oba tyto stavy se mohou navzájem střídat. Potíže jsou vyvolávány nesprávnou funkcí nervů zodpovědných za činnost střev. Další skupinu tvoří choroby spojené se zažívacím traktem. Z nich se může např. jmenovat autoimunitní celiakie, zánětlivá Crohnova nemoc a karcinomy. S průjmy se setkávají i pacienti, kteří podstoupili rozsáhlejší operaci žaludku či střeva. Na vině mohou být i onemocnění orgánů lymfatického systému. Typickým příkladem je cukrovka a zvýšená funkce štítné žlázy. Průjem bývá jedním z nejčastějších příznaků infikování virem HIV, neboť oslabený imunitní systém je mnohem náchylnější k sekundární infekci.